JSONを直接並べ替えてよいのであれば、コモンイベントは YourGreatRpg\Assets\RPGMaker\Storage\Event\JSON の中の「eventCommon.json」を並べ替えることで可能です。

変数は YourGreatRpg\Assets\RPGMaker\Storage\Flags\JSON の中の「flags.json」の中身から、variablesの配列を並べ替えることで可能です。

動作は保証できませんので、すみませんが実施するのであればバックアップの上 自己責任で行ってください。