正攻法だと以下のような形かなと思いますが、いかがでしょうか。（動作未確認です。上手くいかない所あったらすみません）

・データベースの [初期設定]>[オプション]>[透明状態で開始する] を有効にしておく

・パーティの初期メンバーには適当なダミーキャラクターを設定しておく

・初期キャラクターを指定するイベントでキャラクターを選択する分岐を作る（一番簡単なのはイベントコマンドの [メッセージ]>[選択肢]）

・キャラクター選択の分岐の中で、選択を変数に保存し、[パーティ]>[メンバーの入れ替え] で選択した方のキャラクターをパーティに追加する

・初期設定してあったダミーキャラクターを[パーティ]>[メンバーの入れ替え] でパーティから外す

・適切なタイミングで [パーティ]>[透明状態の変更] でパーティーの透明化を解除する

キャラクター選択の UI を色々と凝りたくなりそうですが、その場合はどんな UI にしたいかをご説明いただくと詳しい方が助けてくれるかもしれません。