ご報告誠にありがとうございます。弊社側の確認手順としまして、以下の通り実施しました。

1. RPGData→マップ設定→タイルデータの登録　から、該当のタイルに「下を通って潜れる」を設定
2. マップレイヤーBに該当のタイルを追加し、川の上に設置

上記設定により、問題なく通行できることを確認しました。

別件となりますが、キャラクターと乗り物の通行設定が異なる場合に乗り物側の表示が手前に来てしまい、正常に表示されない不具合がございますので、こちらは修正を致します。 お手数をお掛け致しますが、再現手段が異なるようでしたらご教示いただけましたら幸いです。

何卒よろしくお願い申し上げます。

この現象はコリジョンで発生しました。

コリジョンで船の設定を「下を通れる」にすると通れなくなってしまいました。

これはキャラクタの設定とは関係なく起こってしまいます。

ご指摘の方法で橋に対して通行設定を変更して試していましたが

やはり橋の上を通ることしか出来ないため不具合と判断して投稿させていただきました。